高溫發酵是一種好氧發酵，可以殺滅大多數微生物、蟲卵和雜草種子，是畜禽糞便處理無害化的重要過程。預處理系統和設備為高溫發酵提供了合格的原料，包括合格的粒度和合理的C/N、適當的水分。一些大型有機肥料加工廠常用的幾種塔式發酵設備種類繁多，可根據實際需要進行選擇。
①多階段立式發酵塔:又稱托馬斯發酵塔，分為八層，從上到下分為低溫區、中溫區和高溫區。塔中的原料通過旋轉臂上的犁攪拌槳從上到下移動，每層材料都被槳攪拌翻轉，新鮮空氣通入。
②多層發酵塔：一般為五層，具體層數根據所處理的原料確定，呈圓柱形，物料從上到下移動。
③多層槳式發酵塔:塔中央有一個圓柱形旋轉軸，每層都有螺旋槳和出料口。在螺旋槳的作用下，材料從上到下一層一層地移動。
④活動層多階段發酵塔:塔內邊緣安裝刮刀裝置，可通過刮刀裝置將發酵物控制在1-2m。當空氣從底部通入時，發酵物可以在水平方向慢慢移動，與進料數量相對應的物料可以從頂部向下移動，發酵物可以從頂部移動。在這個過程中，同時通風和攪拌。
⑤多層直落發酵塔:又稱約翰-湯姆森發酵塔，是由水泥或鋼板制成的方形塔。發酵材料間歇性地從頂部添加，材料通過許多層次的旋轉蝶桿傾斜落下，或通過帶翅片的旋轉軸緩慢落下。空氣通過蝶桿或旋轉軸表面和塔的上下邊緣進入和排出。
⑥窯形發酵塔:這種發酵塔配有通風裝置、進料口和出料口，頂部有刮刀裝置，底部有螺旋送料裝置，在某些情況下有慢速攪拌機構。為了保持塔內的好氧條件，塔底有一個蜂窩狀的排氣管。
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